ماده 99:به منظور انسجام بخشيدن به امور اجرائي و سياست گذاري نظام عـــــلمي كشور ، از ابتداي برنامه سوم توسعه كشور ، (( وزارت فرهنگ و آموزش عالي )) به (( وزارت علوم ، تحقيقات و فن آوري )) تغيير نام مي يابد و وظايف برنامه ريزي ، حمايت و پشتيباني ، ارزيابي و نظـــــارت ، بررسي و تدوين سياست ها و ا ولويت هاي راهبردي در حوزه هاي تحقيقات و فن آوري به وظايف وزارتخانه مذكور افزوده مي شود . دولت موظف است اصلاحات لازم در اهداف ، وظايف و تشكيلات وزارتخانه مذكور را طي مدت شش ماه پس ازتصويب اين قانون ، تدوين و به مجلس شوراي اسلامي تقديم نمايد .

ماده 100- به منظور ايجاد زمينه هاي مشاركت و سرمايه گذاري بخـــش غيردولتي و حمايت كمي و كيفي از فعاليتهاي پژوهشي و فن آوري ، بالاخص پژوهشها و فن آوريها ي كاربردي توسعه اي ، دولت مجاز است درتاسيس صندوق هاي غير دولتي مشاركت كند و موظف به تقويت صندوقهاي دولتي موجود مي باشد و بايد ترتيبي اتخاذكند كه امكان استفاده اين صندوقها از يارانه سود تسهيلات مالي طي سالهاي اجراي برنامه فراهم شود . اساسنامه صندوق جديد التاسيس و آيين نامه ، نحوه مشاركت بخش دولتي ، نظام بانكي و بخش غير دولتي در تامين منابع مورد نياز آن ، جايگاه سازماني ، اهداف و وظايف اين صندوقها به پيشنهاد مشترك سازمان برنامه وبودجه و سازمان امور اداري و استخدامي كشور و وزارت علوم ، تحقيقات و فن آوري حداكثر ظرف يك سال از تصويب اين قانون به تصويب هيات وزيران خواهد رسيد.

ماده 101- دولت مكلف است به منظور كمك و حمايت از گسترش كمي و كيفي فعاليتهاي مراكز پژوهشي بخش غير دولتي طي سالهاي اجرائي برنامه ، براي اين موسسات در قوانين و مقررات موضوعه ، استفاده از تسهيلات مالي و بيمه هاي حمايتي را پيش بيني كرده و به مورد اجراء گذارد.

ماده 102-الف : به منظور حمايت از پژوهشهايي كه توسط وزارتخانه ها و ديگر دستگاههاي اجرائي به دانشگاهها و مراكز تحقيقاتي دولتي و غيردولتي سفارش داده مي شود و حداقل چهل درصد (40% ) از هزينه هاي آن را كارفرما تامين و تعهد كرده باشد ، به دولت اجازه داده مي شود در لوايح بودجه سنواتي ، اعتبارات لازم را براي ادامه عمليات اين گونه پژوهشها تامين كند.
پژوهشهايي كه دستگاههاي اجرايي از طريق مراكز تحقيقاتي و واحدهاي وابسته به خود انجام مي دهند و سفارش دهنده و سفارش گيرنده آنها يكي هستند مشمول تسهيلات پيش بيني شده در اين ماده نمي شوند.
ب- سهم هزينه هاي صرف شده در امر تحقيقات از توليد ناخالص داخلي در طول برنامه پنج ساله سوم بطور يكنواخت افزايش يافته به نحوي كه هزينه هاي صرف شده در امر تحقيقات از توليد ناخالص داخلي در سال پايان برنامه در بخش دولتي به يك درصد ( 1% ) توليد ناخالص داخلي از اعتبارات عمومي دستگاههاي اجرائي و در بخش غيردولتي به نيم درصد ( 05% ) توليد ناخالص داخلي از منابع بخش خصوصي و شركتهاي دولتي و بانكها برسد. دولت موظف است پانزده درصد ( 15 % ) از اين اعتبارات را در ارتباط با انجام پژوهشهاي بنيادي و پايه و پژوهش هايي كه يه جذب و توليد دانش فن آوري نو منتهي مي گردد هزينه نمايد.
ج : سازمان برنامه و بودجه مكلف است با هماهنگي شوراي پژوهشهاي علمي كشور در هر سال سهم بخش تحقيقات هر يك از دستگاههاي اجرايي و شركتهاي دولتي را تعيين و در رديف مستقل و جداگانه منظور نمايد. احداث ، خريد و اجاره ساختمانهاي اداري ، خريد تجهيزاتي كه مرتبط با امر تحقيقات نيست و خريد خودروهاي سواري و پرداخت هرگونه هزينه اي كه ارتباط با امر تحقيقات ندارد از چنين رديف هايي ممنوع است و به عنوان هزينه تحقيقاتي نمي تواند منظور گردد .
دولت موظف است حمايت لازم را از تحقيقات بخش خصوصي به عمل آورد . آيين نامه اجرائي اين بند به پيشنهاد شوراي پژوهشهاي علمي كشور و سازمان برنامه و بودجه تهيه و به تصويب هيات دولت خواهد رسيد .
آيين نامه اجرائي اين ماده به پيشنهاد سازمان برنامه و بودجه ، شــوراي پــژوهشهــاي علمي كشور ، وزارت علوم و تحقيقات و فــن آوري و دانشگاه آزاد اسلامي به تصويب هيات وزيران خواهد رسيد .
آيين نامه اجرائي اين ماده به پيشنهاد سازمان برنامه و بودجه ، شوراي پژوهشهاي عليم كشور ، وزارت علوم و تحقيقات و فن آوري و دانشگاه آزاد اسلامي به تصويب هيات وزيران خواهد رسيد .

ماده 103 : دولت موظف است امكانات لازم براي دستيابي آسان به اطلاعـات داخلي و خارجي ،زمينــه سازي براي اتصال كشور به شبكـه هاي جهاني ، بهبود خدمات و ترويج استفاده از فن آوريهاي جديد را از طرق زير فراهم نمايد :
الف : ايجاد زيرساختهاي ارتباطي و شاهراه هاي اطلاعاتي لازم ، پهناي باند كافي و گسترده از طريق وزارت پست و تلگراف و تلفن و ايجاد تسهيلات لازم براي استفاده دانشجويان و اعضاي هيات علمي .
ب : تفكيك وظايف مجموعه هاي ((تامين كننده اطلاعات )) ، ((تامين كننده خدمات )) و (( تامين كننده ارتباطات )) .